発電所総合評価システムは、主に稼働中の原子力発電所を対象に安全に取り組む活動等を総合的に評価し、そのランク付けに基づいて事業者に自主的な原子力安全向上のインセンティブを与え改善に繋げる活動であり、支援を必要とする事業者には必要に応じてJANSI及び他の事業者が協力して支援を行います。
JANSIでは、発電所の自主的な安全性向上への取り組みを効果的に活性化する仕組みとなるよう事業者とも意見交換を行いながらシステムを順次運用することとしており、2016年度から運転実績ＰＩ（指標）等にもとづく評価を開始しています。